Он всё правильно делает. Полученные полигональные объекты можно объединить в общий слой командами Append (Геометрическое соединение) или Merge (Слияние).
Если нужно добавлять буферы в существующий слой, то это делается в ArcMap при открытой сессии редактирования. В редакторе есть команда "Буфер", которая построит буферы вокруг выделенных объектов и добавит в текущий редактируемый слой.
