Вы не сможете удалить пользователя из базы данных, если ему принадлежат объекты в базе. Вы возможно удалили логин к SQL-серверу. Т.е. чтобы нормально удалить объекты, зарегистрированные в SDE-репозитории Вам нужно:
1. Создать новый логин.
2. Назначить новому логину ID старого пользователя, командой SQL-сервера "sp_change_users_login".
3. Подключиться к SDE под этим логином и удалить не нужные объекты.
А администратор и так может удалять всё что угодно, в том числе и таблицы пользователя и вообще весь SDE, только он должен знать что он делает
. Читайте ArcSDE_Config_Gd_SQLServer.pdf и всё у Вас получится.