Получилось. Понял ошибку.
Я сразу те полигональные объекты которые открыл (Layers) перетащил в Merge, и он ругался на дублирование этих объектов. А когда я открыл каждый файл объекта отдельно тогда он их все слил (обеденил) в один слой.
Отсуда вопрос неужеле нельзя сразу перетащить все объекты для объединения, получается что приходиться открывать каждый объект два раза (при открытии и при объединении)????