Если Вы интерполируете инструментами Spatial Analyst в ArcMap, то задайте в свойствах маску анализа: Панель Spatial Analyst->Options...(Опции...)->Analysis Mask(Маска Анализа). В качестве маски задайте слой с полигоном ограничивающим область интерполяции.
Если команда выполняется из ArcToolBox, то маска устанавливается непосредственно в диалоге интеропятора нажатием кнопки Enviroments...(Параметры среды...), далее Raster Analysis Setting...(Параметры анализа растров...)->Mask(Маска)