Тоже периодически парюсь с этим мультипоинтом.
У меня он возникает при трансляции точечных слоев из Мапинфо. Кстати, в моем случае они не объединены в составной объект, поэтому причину возникновения мультипоинта пока не определил.
Неудобства с мультипоинтом в том, что на нем не работает ряд функций (например Merge)
Борюсь с мультипоинтом с помощью арквьюшной утилиты X-Tools -> Convert Shapes to Centroid, кроме того еще в каком-то наборе утилит видел конвертер из мультипоинтов в поинты. Только минус в том, что надо по одному слою конвертировать, а хотелось бы найти какое-нить групповое конвертирование..