Как я понял задачу, нужно просто этими "некоторыми частями" вырезать основной полигон, а потом добавить уже в вырезанный полигон "необходимые части".
Реализация:
1. Вирезать полигон "некоторыми частями" - ArcToolbox->Overlay->Earse
2. Добавить уже в вырезанный полигон "необходимые части"- ArcToolbox->Overlay->Union