Да сохраняет DNR, глядите внимательней. А, да он же работает с шейпами только при запуске из ArcView, через avx - я и сам искал первое время.
Шейп не надо в виде точек... Просто сразу как трек в GPS, лучше брать линейный. Я если честно, пока не пробовал через DNR загонять, но должно получаться - через Ozi/Trackmaker проблем особых не было.
Есть еще хитрые пути: делать из шейпов текстовые файлы, загонять их через формат обмена в MapSource, ну а дальше понятно. Однако это подойдет лишь для корпоративных пользователей, со своими программистами вручную ну его нафиг, такой геморрой.