Да прикол такой есть, как я понял просто полигоны идентичны поэтому АВ не может сказать точно что один лажится на другой.
есть способ, так как у тебя одинаковый порядок полигонов, в каждую таблицу добавляеш поле, а в поле номер каждого полигона и по этому полю связываеш их а потом делаеш конверт ту сшейп файл и все.