А что имеется в виду? Если вычесть z координаты из пересекающихся объектов и получить новую тему - то, это проще всего сделать в ArcView.3.x. Там это просто сделать с помощью скрипта.
Вопрос задачи - зачем делать новую версию, в которой все не удобней, не проще и не стабильней? Лучшеее враг хорошего!