Смею предположить, хотя сам с таким не встречался, возможно из-за проекций. Попробуй в свойствах темы установить замыкание чуть больше, чем образующийся зазор и подредактировать какой-нибудь узел узловым редактором. Если ты используешь свой скрипт, организующий операцию вычитания, то для каждого полученного Shape используй операцию Clean (хорошо помогает, если полигоны очень сложные). Опять-же, не могу исключить, что операция вычитания все-таки имеет погрешность.
