В дело в том, что при создании набора классов объектов (feature dataset) в БГД был задан X/Y Domain по умолчанию. Это привело к тому, что импортируемые объекты из шейпов не попадали в установленные границы X/Y домена.
Избежать этой несогласованности проще всего если при создании нового набора классов объектов Импортировать проекцию, а вместе с ним и X/Y домен из покрытия, имеющего наибольший экстент загружаемых данных, или самостоятельно отредактировать значения X/Y домена. Причем надо учитывать, что изменить значения X/Y домена у уже созданного feature dataset средствами ArcCatlog будет не возможно.