Общая схема такова: сначала автоматически выявляются ошибки, каким-либо инструментом строятся дырки и перекрытия. Потом операторы ставят атрибуты таким "новым" объектам - автоматически в общем случае нельзя, нет критериев. Далее слияние, и проверка, разумеется.
В ARcMap инструментом может служить менеджер топологии, в ArcView - EdiTools, но удобнее и мощнее, конечно, ArcINFOвский build.
Это, разумеется, не относится к щепкам: искать их приходится вручную, так как критериев опять же нет. Точнее, они у каждого свои: форма, площадь и т.п. Найдя, опять повторяется атрибутирование и слияние.
Специфика процесса такова, что не позволяет полностью автоматическую обработку любых объемов с нужным уровнем качества. Поэтому разумно настраивать свои технологии так, чтобы ошибок в исходных материалах было минимальное количество, и не стараться "объять необъятное".