Насчет интеграции. Лучше, если есть возможность, базы данных разделить.
Получается, что тогда атрибутивную базу данных намного проще
администрировать. Все таки права юзера на создание и удаление таблиц,
вполне типичные для SDE, не очень хорошая практика при ведении обычных
баз данных. А связывать базы можно и по ID. Средствами ArcObject лучше
в крайнем случае пользоваться. Серверных возможностей при создании
объединений и тп вполне должно хватить. Единственное, надо аккуратно
работать с ID.