Ну то, что соединение выполняется по одинаковым строкам. Итак. У нас есть две таблицы Таб1 и Таб2. В Таб1 у нас, например, есть три столбца X,Y,Z, названия городов находятся в столбце X. В Таб2 у нас есть три столбца Q,W,S, названия городов находятся в столбце Q. Правильно ли я все понял?
Добавляем в ArcMap Таб1. Делаем join attributes from a table. В первом комбобхе выбираем столбец Х. Во втором комбобоксе указываем путь к Таб2. В третьем комбобоксе выбираем столбец Q. Заходим в дополнительные опции, выбираем там то что надо и вперед.