Попробуйте удалить (лучше переименовать) файл Documents and Settings\USER\Application Data\ESRI\ArcScene\Normal.sxt
Также рекомендуется почистить временные каталоги -
Documents and Settings\USER\Local Settings\Temp\ (переменная окружения TEMP текущего пользователя).
WINDOWS\Temp (системная переменная окружения TEMP)
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\ESRI\Raster\Environment\TmpDir - каталог где хранятся временные файлы с пирамидами и привязкой для временных растров или растров с атрибутом только для чтения.
Ну и как последний шаг можно попробовать удалить целиком ветку реестра HKEY_CURRENT_USER\Software\ESRI\ArcScene или даже HKEY_CURRENT_USER\Software\ESRI.
Рекомендуется её предварительно (до удаления) экспортировать в файл. Там хранятся настройки ArcGIS для текущего пользователя. Если их удалить, то ArcGIS будет их создавать заново, как при первом запуске.
