Когда создаёте новый набор классов объектов Feature DataSet нужно:
1.Задать ему имя &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp; &nb sp;
2.Определить пространственную привязку (можно импортом всавить уже имеющуюся у данных, которые впоследствии будете импортировать).Если задаёшь вручную, то определить координатную систему и ХУ домены(т.е. область мин. и макс. значений Х, У координат)
Шейп для импорта должен содержать *.prj файл-привязки.
Если всё это задано, то при импорте слой должен перепроецироваться даже если он в другой системе координатной
Есть ещё варианты загрузки - во Feature DataSet создаёте новый слой с геометрией и по шаблону того что надо загрузить, и Load Date(загрузить данные) указываете на исходный. Или экспортом исходного в Feature DataSet. Но при условии правильного определения привязки и пространств.доменов. Удачи!