Всё нормально с высотами. При выполнении Resample, значения для ячеек в новом растре пересчитаются по значениям из старого, и при снижении разрешения они, соответственно, усреднятся. И неминуемо будут расхождения.
Разница между 283 и 288 вполне приемлемая.
Вот почему такая разница между 7050 и 6840, надо смотреть на данные. Вероятно, 7050 это какой-то серьёзный единичный "выброс" по высоте в исходном растре (ну или несколько локально-единичных выбросов), и при Resample это значение просто "заглушилось" более низкими соседними значениями. Посмотрите, что на самом деле из себя представляют значения выше 6840 в исходном растре, и чем они окружены.