Результат работы как раз сохраняется - это параметры новой проекции(их можно всегда увидеть через свойства слоя в ArcMap или с помощью ArcCatalog), параметры исходной проекции хранятся с исходными данными, а вот если Вы применяли какой-либо из методов преобразовния между сфероидами - то эту информацию Вы должны помнить или записывать сами (например вместе с метаданными).