Ограничить данные можно только создавая поднаборы данных, участвующих в интерполяции - результат всегда будет прямоугольным.
Чтобы ограничить отображение результатов - можно в свойствах фрейма данных задать вырезание экстента по слою.
Если необходимо сохранять результат, ограниченный полигоном - используйте инструменты Spatial Analyst - см. команды SelectPolygon или ExtractByPolygon.