насколько я помню в Спб Университете, на географическом факультете должно быть, потом берут в аспиарантуру по ГИСам в СПб Электротехнический Университет, и как ни странно в Российском Государственном Гидрометеорологическом Университете, Кафедра Морских Информационных Технологий, но последние специализируются вообще то очень далеко от ГИС, ближе к автоматизации и информационным технологиями для гидрометеорологических задач.
На самом деле, в Питере по геоинформатике как таковой ничего стоящего нет, как и профессионалов нет, которые могли бы вести аспирантов, может быть в Москве искать? Я говорю о геоинформатике в целом как науке, а не о прменении ГИС как инструмента. Последних весьма много, кто применяет в Петербурге.