Заменять 88959.txt на 1251.txt имеет смысл, когда чертёж хранится в кодировке windows 1251. При этом он в ArcGis уже нормально должен читаться - атрибуты объектов должны быть по-русски, аннотации тоже. При добавлении в ArcGis не слоя аннотаций, а самого чертёжа аннотации должны быть русскими, но они все рисуются горизонтально, т.е. теряется угол. А при добавлении аннотации отдельным слоем сбивается кодировка. Вот в этом случае поможет замена файлов кодировок.
Если же чертёж находится в кодировке dos866 или UTF, то не правильно будут отображаться и атрибуты, и аннотации. Посмотреть и потренироваться можно выгрузив чертёж в dxf - это текстовый файл и его содержимое можно посмотреть в любом редакторе. При помощи FAR его можно легко перекодировать и проверить результат в ArcGis.
А как управлять процессом перекодировке в самом AutoCad - не знаю. Это лучше поискать на форумах по AutoCad.