Не правильно определены системы координат для растров и геометрии (spatial reference) при создании каталога растров. При загрузке растра в каталог для него создаётся автоматически полигон, представляющий экстент растра. Если этот полигон выходит за границы экстента каталога растров (определяется в момент создания), то растр не загружается. Перед созданием каталога необходимо заранее знать границы, в которые поместятся все загружаемые растры.
Для упрощения процесса можно воспользоваться инструментом Workspace to Raster Catalog http://support.esri.com/index.cfm?fa=downloads.geoprocessing.filteredGateway&GPID=9
