Если я правильно понимаю, то под словом "регистрация" понимается привязка растра к реальным координатам и задание ему проекции. Наиболее правильно в ArcGIS можно привязать отсканированную карту, поскольку у карты обычно известна проекция. Для корректной привязки снимков, покрывающих большие территории необходимо знать параметры сенсора и использовать софт, который их учитывает, например, Erdas Imagine. Поэтому буду говорить о привязке именно отсканированной карты. Привязка снимка на маленькую территорию аналогична, за исключением того, что неизвестна проекция, и естественно, ее не надо задавать.
1. В ArcMap открываете растр, добавляете меню "Georeferencing", с помощью инструмента "Add control points" (с использованием правой кнопки мыши) назначаете координаты для всех реперных точек растра.
2. Из того же меню "Georeferencing" проводите трансформацию растра и сохраняете результат. Закрываете ArcMap.
3. Открываете ArcCatalog, жмете правую кнопку мыши на полученном растре, заходите в свойства, переходите к полю "Spatial Reference", жмете кнопку "Edit" и устанавливаете ту проекцию, в какой сделана карта.
Готово