Как известно, MapObjects работает с шейп файлами. Обычно, при созданий слоя задается проекция. Так вот, шейпфайл, имеющий проекцию должен состоять из четырех файлов с расширениями dbf, shp, shx и prj. В принципе этого достаточно, чтобы отображение было нормальным.
Или же попробуйте добавить такой код после загрузки слоя:
If Map1.CoordinateSystem Is Nothing Then
If Map1.Layers(0).CoordinateSystem.IsProjected Then
Dim mapPCS As New MapObjects2.ProjCoordSys
mapPCS.Type = Map1.Layers(0).CoordinateSystem.Type
Map1.CoordinateSystem = mapPCS
ElseIf Not Map1.Layers(0).CoordinateSystem.IsProjected Then
Dim mapGCS As New MapObjects2.GeoCoordSys
mapGCS.Type = Map1.Layers(0).CoordinateSystem.Type
Map1.CoordinateSystem = mapGCS
End If
End If
(это из примера, сам не пробовал)