Для водоёмов лучше сконвертировать полигоны в грид и заменить области водоёмов в интерполированной поверхности. Делается это в калькуляторе. А вот с командами самого калькулятора придётся разбираться по документации. Можно и вырезать и добавить. см. ArcGIS Desktop Help->Extension->Spatial Analyst->Raster Calculator
Вырезать грид по полигону - нужно установить полигональный слой по которому обрезать Spatial Analyst->Option(Опции)->Analisys Mask(маска анализа). После этого в калькуляторе outgrid=ingrid.
Экстраполирует он и так - задайте экстент грида больше чем экстент входных данных, но устроит ли Вас результат? Читайте внимательно про методы интерполяции и их ограничения.