Файл .aux создается в момент добавления растра в проект, если растр был уже привязан (Geotif или World File), то .aux заполняется в соответствии с привязкой, если файл был непривязан, то aux заполняется (0,0) левый верхний угол, а ширина и высота пиксела 1. После привязки растра необходимо выполнить Update Georeferencing, иначе .aux не перезапишется.