Я уже задавал такой вопрос.
https://forum.esri-cis.ru/index.php?qa=10398
Получается, что такого крайне нужного инструмента в аркмап как раз и нету. Есть аркинфовский тул для покрытий... но конвертить... Я выкрутился попроще - поскольку мне было нужно для черновой работы, вырезать не стал, а просто отобрал запросом. Правда, тоже хлопотно показалось - выделить-то легко, а вот сохранять пришлось по одному. 40 слоев, замаялся мышкой тыкать. Покольку нужно это не часто, пока не продвинулся дальше. XTools советовали, но в старом XTools 1,0 эта функция была заблокирована, в новом вроде 30 дней работает - но уже надобность отпала. Попробуешь XTools, напиши впечатления, будь другом, а то лень как-то без конкретной задачи его мучить.
Но мне еще в АркВью показалось, что задачка не такая тривиальная, как кажется. В крупных шейп-файлах было много глюков, которые вылезали именно при клипе. Поэтому этап отбора должен быть. Еще, возможно, все-таки придется некоторые слои прогонять через покрытия... И там же резать?