Применяя термин СПРОЕЦИРОВАННЫЙ ВИД подразумевается, что шейп-файлы хранят геометрию объектов в десятичных градусах широты и долготы (неспроецированные данные). В этом случае Темы будут корректно подгружаться, хоть какую проекцию вы установили в Виде.
Другое дело, шейпы часто сохраняют спроецированными, то есть в единицах измерения какой-либо проекции (в общем случае Гаусс-Крюгер). В этом случае мы имеем дело со СПРОЕЦИРОВАННЫМИ ДАННЫМИ (не путать со СПРОЕЦИРОВАННЫМИ ВИДАМИ). Такие Темы вы не можете перепроицировать через свойства Вида. Причем в качестве единиц измерения для спроецированных данных выбирают метры, километры ... Естественно, если вы собираете слои из тем, которые хранят геометрию скажем в километрах, то вы не сможете корректно подгрузить к ним Тему в метрах... И т.д.
Старайтесь хранить ваши шейп-файлы в десятичных градусах, тогда не будет проблем с их совмещением, независимо от того, какую проекцию вы установите для Вида.