Лечится просто - заданием правил топологии слоя. Запретом наложения полигонов и промежутков между ними. (Overlaps and gaps). Есть, конечно, ньансы при изменении количества знаков в координатах- например, при печати геодезических отчетов, но для этого выбирается новая таблица, чтобы не портить реальные данные.
Кстати, прогон через ArcINFO coverage - это та же топология слоя, то бишь ее восстановление...
