Столкнулся со схожей проблемой. При экспорте шейпа в базу геоданных выдается сообщение Linestring or poly boundary is self-intersecting.
Насколько помню в ArcGis 8.3, если при экспорте возникала ошибка, то выдавалась информация о типе ошибки и FID "плохого объекта".
В ArcGis 9.0 (очевидно хотели как лучше, а получилось как всегда) добавили утилиту предварительной проверки Check Geometry (в ArcTools), которая выдает информацию о "плохих объектах" (тип ошибки и FID объекта), а при возникновении ошибки при самом экспорте выдается только информация о типе ошибки.
По логике, алгоритм проверки при экспорте и в утилите Check Geometry должен быть одинаковым, но проверка шейпа утилитой Check Geometry (из ArcTools) ошибки не выдает, а при экспорте ошибка возникает.
Возникает замкнутый круг, при экспорте "плохой объект" не вычислить, т.к. не известен его FID, а утилита, которая может выдать FID не находит ошибку.