Если надо сменить (не задать вновь!) проекцию, то приходится создавать новый файл. Так что вопрос с расположением файлов все равно надо решать.
Можно сменить проекцию всех файлов в проекте нашей штукой.
http://arcscripts.esri.com/details.asp?dbid=13430
Но она в одной папке в случае шейпов с одинаковыми именами из разных папок файлы *_1.shp,*_2.shp. Если это устроит, то просто качай GeoSelect, создавай поиск, кидай его в новый проект ArcMap, задавай у фрейма требуемую систему координат, и сливай в требуемое место.