С толерантностью дело иметь придется, все инструменты на тему топологии иначе будут неадекватными. Хотя интересно порассуждать на эту тему. В реализации Microstation, например, дискретность в геопространстве задается один раз - в начале работы. И потом только используется.
"EditTools - это откуда инструмент? Не нашел." - о времена! EditTools не помнят! А раньше в каждой таверне... :))) Если же серьезно, то на сайте ESRI в скриптах он безусловно есть, и вот тут сайт разработчика. ПРавда, продукт не freeware, но вам-то с вашими возможностями будет достаточно даже описания, чтобы понять, что к чему. EditTools очень популярен для ArcView, да и для ArcMap версия давно уже живет. Думаю, что это единственный более-менее целостный пакет топологических инструментов (для тех, у кого нет ArcInfo).
Кстати, а ваш инструмент дубликаты исследует целиком или по частям? Ведь все линии уникальны даже после развала полигонального шейп-файла, и только их куски совпадают. По-хорошему надо сначала их все разрезать на отрезки - операция сама по себе полезная.
И куда это я клоню? Кто скажет, зачем еще один ArcInfo!?