...в ArcScene оченно просто, нужны два или три тематических объекта и DEM. DEm - для понятно чего, тематический слой - для колористики, и may be Hillshade - для выразительности. Кладешь одно под другое, устанавливаешь источник пространственных переменных (DEM), делаешь прозрачным главный тематический слой, выставляешь приоритетность отображения - и вот, оно, готово!
..если я правильно понял Ваш вопрос