нет, проблема не в том, что данные в одном слое...попробуй создать два полигональных шейпа, в одном нарисуй один полигон, в другом - два, три, сколько угодно (нарисуй как бы сверху него). далее выдели один маленький полигон, clip будет гореть, а теперь выдели еще один (с шифтом нажатым) - clip погаснет, зараза!!!
PS. только что понял - ты имеешь в виду clip в мастере пространственных операций! а я говорю о функции clip, которая есть в меню Editor, в сеансе редактирования! про мастер я знаю все...не подходит он, теряется много времени на создание нового шейпа, замену старого и т.д.